Die Späte Rübenfäule ist eine pilzliche Erkrankung. Sie wird durch den Bodenpilz Rhizoctonia solani hervorgerufen. Der Pilz tritt weltweit in allen Rübenböden auf. Die Dauerformen (Sklerotien) sind bis zu 10 Jahre im Boden überlebensfähig. Mais ist ebenfalls eine Wirtspflanze des Pilzes, das sollte bei der Fruchtfolgegestaltung beachtet werden.

Aus den Sklerotien wächst das Pilzmyzel und besiedelt die Wurzeloberfläche der Zuckerrübe. Während des Wachstums werden Enzyme gebildet, die die Zellwände der Zuckerrübenzellen zersetzen. Dort dringen die Pilzzellen (Hyphen) ein. Die Infektion erfolgt außerdem über Risse und Verletzungen des Rübenkörpers.  
Bodentemperaturen ab 15 °C fördern die Entwicklung des Pilzes. Zwischen 25 - 33 °C entwickelt er sich am besten. Schwere Böden mit schlechter Bodenstruktur, hoher Bodenfeuchte und Staunässe begünstigen die Ausbreitung. Eine warme, feuchte Witterung von Mai bis August fördert deshalb die Entwicklung des Pilzes erheblich. 

Zu den pflanzenbaulichen Gegenmaßnahmen zählen die Beachtung der Vorfrucht und gegebenenfalls Erweiterung der Fruchtfolge: Mais fördert die Ausbreitung, nach Kartoffeln wird ein geringerer Befall festgestellt. Desweiteren sollte die Bodenstruktur verbessert und Bodenverdichtungen sollten vermieden werden. Der Anbau einer toleranten Sorte sichert den Ertrag.