Eine Grundlage jeden Züchtungsfortschritts ist die Selektion besonders geeigneter Pflanzen aus einer Vielzahl von Kreuzungsnachkommen. Für viele zuchtrelevante Merkmale sind die Orte der zugrundeliegenden Gene im Pflanzengenom oder die Gene selbst bekannt.

Unterschiede in der DNA dieser Gene oder Genorte, die mit unterschiedlichen Ausprägungen eines Zuchtmerkmals korrelieren, können als „molekulare Marker“ genutzt werden. Mithilfe dieser ist es möglich, die betreffenden Merkmale einer Pflanze bereits im Keimlingsstadium vorherzusagen, ohne die Notwendigkeit einer langen und aufwendigen Aufzucht im Gewächshaus oder Feld.

Der Einsatz von Markern in unserer Züchtung reicht von markergestützter Selektion mit spezifischen Markern für einzelne Zuchtmerkmale wie z.B. Krankheitsresistenzen bis hin zu genomweiten Selektionsmethoden zur Unterstützung der Züchtung auf komplexe Eigenschaften wie z.B. Ertrag.