Die Ernte ruft Verletzungen am Rübenkörper hervor: Köpfschnitte, Risse und Quetschungen zerstören Gewebe und es entstehen Eintrittspforten für pilzliche und bakterielle Schaderreger wie bespielsweise Fusarium oder Pseudomonas. Die Rüben beginnen an den verletzten Stellen zu schimmeln oder zu faulen. Mit steigender Temperatur und bei Feuchtigkeit erhöht sich die Infektionsgefahr in den Mieten. Krankheitsprozesse schreiten schneller voran, bei starkem Fäulnisbefall kann es zu Gärungsprozessen kommen.

Ein Krankheitsbefall der Rübenkörper vor der Ernte zum Beispiel durch Rotfäule oder Kopffäule erhöht die Zuckerverluste bei die Lagerung. Die Pflanze wehrt sich gegen den Schadorganismus und verbraucht dafür Energie. In der Miete breitet sich die Fäulnis weiter aus, Sekundärinfektionen stellen sich im geschwächten Gewebe leichter ein. Als problematisch erweist sich das Auftauen von Rüben, da dabei Zellmembranen zerstört werden. Auch dann kann es zu Fäulnisprozessen kommen.

Eine möglichst schonende und verletzungsarme Rodung ist der wichtigste Beitrag zur Minimierung von Lagerverlusten.