Die Lagerung der Rüben geht auch unter den günstigsten Bedingungen mit Zuckerverlusten einher, denn der Rübenkörper erhält lebensnotwendige Stoffwechselaktivitäten aufrecht. Die dafür benötigte Energie bekommt er, indem er den Zucker, der als Saccharose im Rübenkörper eingelagert wurde, veratmet. Dabei wird mit Hilfe des Enzyms Invertase der Zucker zunächst in die Invertzucker Glucose und Fructose gespalten. Diese reichern sich in den Zellen an und behindern als Melassebildner die Ausbeute in den Fabriken. Zusätzlich zum Abbau des Zuckers erfolgt deshalb auch immer eine Verschlechterung der Rübenqualität. Mittelfristiges Ziel der Züchtung ist es, lagerstabile Zuckerrübensorten zu züchten, die geringere Veratmungsverluste und eine höhere Fäulnistoleranz aufweisen.

In den ersten Tagen nach der Rodung sind die Zuckerverluste stärker, denn für Wundheilungsprozesse wird viel Energie benötigt. Je geringer deshalb die Verletzungen bei der Rübenernte ausfallen, desto geringer fallen die dadurch bedingten Zuckerverluste aus.

Temperaturen zwischen + 3°C und + 5°C haben sich laut Kenter und Hoffmann für die Lagerung von Zuckerrüben am günstigsten erwiesen. Mit steigenden Temperaturen erhöht sich die Veratmungsrate. Eine Lagerung unter Vlies verringert die Zuckerverluste laut den aktuellen Lagerungsversuchen der Nordzucker um mehr als die Hälfte. Vlies schützt vor Frösten bis -5 °C und bei Wetterumschwung für einen gewissen Zeitraum auch vor dem Auftauen.

Verluste von 100 Gramm Zucker je 1 Tonne Rüben und Tag gilt als Faustzahl unter optimalen Lagerungsbedingungen und einer guten äußeren Quälität der Rüben.