Una base importante de todo el progreso del mejoramiento es la selección de plantas individuales con rasgos mejorados de un gran número de progenies cruzadas. Para muchas de estas características, se han identificado los genes o sus ubicaciones dentro del genoma de la planta.

Variación dentro del ADN de genes o loci de genes que se correlaciona con diferentes fenotipos (apariencias) de la planta, p. susceptibilidad o resistencia a una enfermedad, pueden utilizarse como "marcadores moleculares". Mediante el uso de estos marcadores, es posible predecir el rendimiento de una planta con respecto a rasgos específicos sin necesidad de pruebas de resistencia a enfermedades prolongadas y laboriosas u otras pruebas de rendimiento en el invernadero y en el campo.

Las aplicaciones de marcadores en nuestros programas de mejoramiento incluyen la selección asistida por marcadores con marcadores específicos para rasgos individuales, como la resistencia a enfermedades, así como métodos de selección de todo el genoma en apoyo del mejoramiento de rasgos complejos, como el rendimiento. En nuestros continuos esfuerzos por desarrollar nuevos marcadores para abordar los desafíos de mejoramiento actuales o futuros, utilizamos enfoques de investigación genéticos, genómicos y bioinformáticos.