Důležitým základem celého šlechtitelského procesu je výběr jednotlivých rostlin se zlepšenými vlastnostmi z velkého počtu křížených potomků. Pro mnoho z těchto znaků byly identifikovány geny nebo jejich umístění v rostlinném genomu.

Variability v DNA genů nebo genových lokusů, která koreluje s různými fenotypy (vzhledy) rostliny, např. citlivost nebo rezistence k chorobám, lze použít jako "molekulární markery". Použitím těchto markerů je možné předpovídat výkonnost rostliny vztahující se ke specifickým vlastnostem bez nutnosti zdlouhavých a pracných testů odolnosti vůči chorobám nebo jiných testů výkonnosti ve skleníku a na poli.

Aplikace markerů v našich šlechtitelských programech zahrnují selekci pomocí specifických  markerů pro jednotlivé znaky, jako jsou rezistence vůči chorobám, a metody výběru pro celý genom na podporu šlechtění pro komplexní vlastnosti, jako je výnos. V našem neustálém úsilí vyvíjet nové markery pro řešení současných nebo budoucích šlechtitelských výzev používáme genetické, genomické a bioinformatické výzkumné přístupy.